La flora y la fauna en Collado Mediano es diversa y en gran medida consecuencia de la evolución que en los últimos siglos han sufrido los diferentes usos del territorio: agrícolas, distintas formas y especies de pastoreo, cinegéticos y sociales. En la actualidad la presión permanente de un crecimiento urbanístico y demográfico, sin fin aparente, está condicionando de forma quizás irreversible el que, hasta la fecha, continua siendo el mayor activo de la comarca: su riqueza paisajística y medioambiental.
Los extensos bosques primigenios poblados de alcornoques, encinas, robles o grandes enebros, habitados por el oso pardo y el lobo, que cubrían la comarca de vegetación hace mil años, sufrieron un progresivo e importante deterioro, especialmente desde bien entrada la Edad Media, cuando la corta ingente de leña destinada a la capital y la creación de pastos que permitieran alimentar a los grandes rebaños trashumantes, fue aclarando definitivamente el bosque, hasta que, a comienzos del siglo XX, el Cerro del Castillo estuvo ya totalmente pelado y las gentes, para combatir el frío, arrancaban las pocas matas existentes prácticamente antes de que salieran.
Después de casi dos mil años de uso y explotación de la tierra mediante tala de árboles, pastoreo más o menos intensivo, cultivos o incendios, poco queda en la actualidad de la vegetación original. Sin embargo, a pesar del enorme proceso de erosión y transformación, Collado Mediano mantiene un importante patrimonio natural.
Las reducidas zonas del bosque actual, replantaciones de Pino Negral y Silvestre en la década de 1940, que poco tienen que ver con el arbolado primigenio y, especialmente, las dehesas de fresnos, encina y algún alcornoque disperso, son un refugio sumamente valioso para la vida animal.
Collado Mediano, a pesar de no tener un cauce de agua importante, pues el Arroyo de los Linos tiene una capacidad muy limitada y suele estar seco a comienzos de junio, posee un número elevado de pequeños manantiales que riegan varios humedales repartidos por las dehesas que, entre charcas y viejas canteras de piedra inundadas, mantienen puntos húmedos incluso en los meses tórridos del verano, cuando el agua dulce adquiere todo su valor. Estos humedales, que en el medio plazo pueden estar comprometidos por el impacto medioambiental que supone la fuerte demanda de agua que genera el excesivo crecimiento de la población (uso generalizado de piscinas, riego abusivo de jardines, etc.), son un hábitat que alberga una riquísima biodiversidad que no debería perderse.
Esta información que comprende las características de los dos elementos principales del paisaje actual: el Cerro del Castillo y las zonas adehesadas, se ha estructurado en tres apartados.
